El ex presidente, uno de los pilares del régimen islámico, gobernó entre los años 1989-1997, en un mandato marcado por violaciones de los derechos humanos, grandes endeudamientos y por los intentos infructuosos de acercamiento a Estados Unidos.
Su nombre causa gran resonancia en la Argentina, ya que Rafsanjani es considerado por el juez federal Rodolfo Canicoba Corral como uno de los planificadores del atentado a la AMIA el 18 de julio de 1994, en donde perdieron la vida 85 personas.
La decisión, fue elogiada por Estados Unidos quienes afirmaron que "el informe (del fiscal Alberto Nisman) suministra evidencia convincente de que el ataque fue planificado y financiado por el gobierno de Irán y llevado a cabo con la asistencia operativa del Hezbollah y diplomáticos iraníes locales".
El fiscal le solicitó además al juez la captura internacional de ocho iraníes, entre ellos, Rafsanjani, los ex ministros de Relaciones Exteriores Alí Akbar Velayati y de Información y Seguridad Alí Fallahijan.
Para los fiscales, el móvil del atentado fue la suspensión en 1991 por parte del ex presidente Carlos Menem de unos convenios de cooperación nuclear.
Pero el gobierno iraní rechazó la resolución ante el gobierno del presidente Néstor Kirchner y advirtió que la "Argentina ha entrado en un juego peligroso". Además exhortó a las autoridades de Argentina a "no caer en la trampa de los sionistas y que no vuelvan a repetir los mismos errores del pasado" e insistió en que "los testigos de las pesquisas de este caso son miembros de bandas terroristas que han confesado sus crímenes".
Canicoba, por su lado, ya declaró en rebeldía a Rafsanjani y los restantes acusados, y dio intervención a defensores oficiales para que patrocinen aquí a los imputados. Pero la abogada nombrada por el Estado para defender a los nueve ex funcionarios iraníes acusados por el atentado apeló el fallo del juez Canicoba Corral, que había ordenado las capturas de sus defendidos y había calificado este ataque de delito imprescriptible.