En entrevista con la cadena estadounidense de televisión CNN, al-Maliki señaló que el ultimátum fue una decisión unánime de las fuerzas políticas iraquíes.
Cientos de personas murieron el mes pasado durante enfrentamientos entre las milicias de al-Sadr -conocidas como ejército Mahdi- y las fuerzas iraquíes en el suburbio bagdadí conocido como Ciudad Sadr.
"El fin de semana, los políticos iraquíes pidieron que se desmantelaran todas milicias que operan en el país, pero no se refirieron a ninguna específicamente", explica el corresponsal de la BBC en Bagdad Adam Brookes.
Pero el Primer Ministro se refirió por nombre a la milicia del clérigo chiíta "un grupo armado numeroso, indisciplinado y con frecuencia brutal" que se ha fortalecido mucho en los últimos años, indica Brookes.
"La declaración de al-Maliki parece una amenaza seria", explica. "El enfrentamiento entre él y al-Sadr es cada vez más intenso".
En Irak se celebrarán elecciones provinciales en octubre.
A su vez, nuevos combates entre fuerzas de seguridad y milicianos ocurrieron el domingo en el bastión de Sadr en Bagdad, y arrojaron más de dos docenas de muertos.