El alto tribunal decidió absolver a Basel Ghalyun y a Mohamed Almallah Dabas, condenados a 12 años de prisión por pertenencia a organización terrorista. También absolvió a Abdelilah el Fadual el Akil, condenado a nueve años por colaboración con organización terrorista, así como a Raúl González Peña, condenado a cinco años por suministro de explosivos.
En el caso de El Egipcio, los jueces rechazan los recursos interpuestos por la fiscalía y por las víctimas, pidiendo que se le condenara por pertenencia a organización terrorista, delito por el que ya fue condenado en Italia a ocho años de cárcel. La Audiencia Nacional entendió que debía aplicarse el principio de 'non bis in idem', es decir, que una persona no puede estar condenada dos veces por los mismos hechos.
Sin embargo, la fiscalía alegaba que la sentencia italiana no es firme, pues todavía debe pronunciarse sobre ella la máxima instancia judicial de ese país, y que, por tanto, no se le condenaría dos veces por lo mismo. El Egipcio fue presentado por la acusación como uno de los cerebros de los atentados en los trenes de cercanías de Madrid.
Los ataques causaron la muerte de 191 personas y se culpa de ellos a grupos islámicos inspirados por Al Qaeda.